此寺建于清康熙年間,清道光三十年重修。《重修京都德勝門外馬店禮拜寺碑記》碑,碑中記云“……年久失修司事……大殿廣十六間……殿出左廡為講學(xué)經(jīng)臺右廡為清真小學(xué)講以臺……大殿外房間凡廿有一……”。1946年大修,1983年至1984年大修恢復(fù)原貌。
大殿坐西朝東,寺中有“永垂不朽”、“清真古教”兩通碑。山門歇山頂磚石結(jié)構(gòu),拱券門上有漢白玉匾,上 書-“清真寺”,入山門北配殿三間為辦公室,南配殿為水房,垂花門有大抱鼓石,以西有月亮門一座。進(jìn)垂花門后為大殿,兩側(cè)為南北講經(jīng)堂,北講經(jīng)堂西有女大殿一棟,南講經(jīng)堂西為學(xué)習(xí)班。整座寺院共計房屋77間,是海淀規(guī)模最大的一座清真寺。
1999年被公布為海淀區(qū)文物保護(hù)單位。