上古為廩君國屬地；唐虞（夏商）為荊、梁二州之地；周朝為夔子國屬地，治所在今秭歸；春秋為巴子國屬地；戰(zhàn)國為楚國巫郡屬地；秦朝為黔中郡屬地；漢朝為南郡屬地；后漢建安十三年（208），為蜀之領(lǐng)土；后漢建安十五年（210），隸屬宜都郡巫縣；建安二十一年，隸屬固陵郡巫縣；三國蜀章武元年（221），隸屬巴東郡巫縣；章武二年（222），為吳之領(lǐng)地；吳景帝孫休永安三年（260）置縣，隸屬荊州府建平郡；西晉太康五年（284），撤銷建始縣，尋復(fù)置，隸屬荊州府建平郡；劉宋（424）初，廢；齊、梁（479）復(fù)置；北周建德三年（574），改置業(yè)州，隸屬益州總管府；業(yè)州領(lǐng)一郡，即軍屯郡，軍屯郡下轄一縣，即建始縣。

三級政區(qū)同地，治所同城，位于三里槐坦州基山下棉花壩；隋大業(yè)元年（605），廢州置縣，隸屬清江郡；唐武德元年（618，即隋大業(yè)十四年），復(fù)置業(yè)州，以業(yè)州轄建始縣；唐貞觀八年（634）撤銷業(yè)州，隸屬黔中道施州；宋代，隸屬夔州路總管府；北宋將治所從棉花壩遷今業(yè)州鎮(zhèn)所在地；元代，隸屬夔州路總管府；元至正二十二年至明洪武四年（1362-1371），隸屬大夏國（明玉珍及子明升以四川為主建立的農(nóng)民政權(quán)）施南萬戶府；明洪武四年（1371），隸屬湖廣都司施州衛(wèi)；洪武二十三年（1390），隸屬四川夔州府；清初，隸屬四川夔州府；乾隆元年（1736），因建始距夔州三百余里，為施南府入省必由之路，故撥歸施南府；乾隆元年至宣統(tǒng)三年（1911），隸屬湖北布政司施南府；民國元年（1912），廢府存縣，直屬湖北��；民國二年（1913），隸屬湖北省荊南道；民國十五年至十六年（1926-1927），隸屬湖北省施鶴道；民國十七年至二十年（1928-1931），隸屬湖北省鄂西行政區(qū)；民國二十一至二十四年（1932-1935），隸屬湖北省第十行政督察區(qū)；民國二十二年（1933）春至秋，賀龍領(lǐng)導(dǎo)的工農(nóng)紅軍在官店口建立革命根據(jù)地，并先后成立縣、區(qū)、鄉(xiāng)蘇維埃政府，縣內(nèi)兩種政權(quán)并存分治；民國25年（1936）至1949年11月4日，隸屬湖北省第七行政督察區(qū)；1949年11月5日至1983年8月18日，隸屬湖北省恩施專署；1952年銅鼓包鄉(xiāng)劃歸四川巫山縣轄；1958年，馬坪、高峰兩鄉(xiāng)劃歸巴東縣轄；1983年8月18日至1993年4月，隸屬鄂西土家族苗族自治州；1993年4月至今，隸屬恩施土家族苗族自治州。