南宋咸淳間（1265～1274）屬昌化縣永豐鄉(xiāng)隆化里，元、明代仍之，清雍正七年（1927）朱穴、平葛莊屬永豐鄉(xiāng)一都隆化里。

民國初屬昌化城，民國17年（1928）屬昌城鎮(zhèn)，民國21年（1932）屬朱平鄉(xiāng)，民國24年（1935）屬昌城鎮(zhèn)，民國34年（1945）朱穴塢屬武隆鎮(zhèn)至解放。

1941年《民族日報》社遷此，曾改名“誅夷塢”，取“誅滅倭夷”之意，群眾仍稱朱穴塢。

解放初屬武隆鄉(xiāng)農(nóng)會第三分會，1956年建朱穴高級社，1958年為昌城公社武隆管理區(qū)朱穴生產(chǎn)隊(duì)，1961年為臨安縣武隆公社朱穴生產(chǎn)大隊(duì)，1984年為昌化鎮(zhèn)朱穴村。

2007年村規(guī)模調(diào)整，朱穴村規(guī)模不變，轄10個自然村。

獲評杭州市級文明村。