馬澗鎮(zhèn)古時屬靈泉鄉(xiāng)三河里和武昌鄉(xiāng)仁壽里。

民國時期屬嵩麓區(qū)，轄望玉、漁溪、桂峰、三益、大塘、雙源6個鄉(xiāng)。

1938，10月，碧玉、漁溪兩鄉(xiāng)合并，建石渠鄉(xiāng)；桂峰、三益兩鄉(xiāng)合并，建馬澗鄉(xiāng)；大塘、雙源兩鄉(xiāng)合并建大源鄉(xiāng)。

1941建馬澗區(qū)署。

1946，2月，大源鄉(xiāng)并入馬澗鄉(xiāng)。

建國后成立馬澗區(qū)人民政府，轄馬澗、下杜、后潘、大塘、溪源、盤源、橫木7個鄉(xiāng)，石渠鄉(xiāng)歸屬香溪區(qū)。

1956年下杜鄉(xiāng)并入馬澗鄉(xiāng)，溪源鄉(xiāng)并入大塘鄉(xiāng)。

1958年成立馬澗人民公社，轄橫木、石渠、馬澗、大塘、姚塘下、蔣塢、溪源、源口8個管理區(qū)。

1959年蔣塢并入馬澗，溪源并入大塘、源口并入石渠。

1961年調(diào)整人民公社規(guī)模，分設(shè)橫木、石渠、馬澗、大塘、姚塘下5個人民公社。

1983年6月政社分設(shè)，改稱橫木、石渠、馬澗、大塘、姚塘下鄉(xiāng)。

1992年行政區(qū)域調(diào)整，姚塘下、大塘兩鄉(xiāng)并入馬澗，建制馬澗鎮(zhèn)。

2004年行政區(qū)域調(diào)整，橫木、石渠兩鄉(xiāng)并入馬澗鎮(zhèn)。