清屬36都。

民國年間為靈溪區(qū)莒溪鄉(xiāng)。

1949年建政時，沿用舊名。

1952年土改時，將轄區(qū)劃分為莒溪、西廳、上村、大石、田立五個鄉(xiāng)，隸屬睦源區(qū)。

1956年撤區(qū)并鄉(xiāng)時上述五鄉(xiāng)合并恢復莒溪鄉(xiāng)，劃歸橋墩區(qū)管轄。

1957年又分為西廳、莒溪兩鄉(xiāng)。

1958年公社化時兩鄉(xiāng)合并，稱莒溪管理區(qū)，隸屬橋墩公社。

1984年建立鄉(xiāng)政府，同年改為建制鎮(zhèn)。

1992年撤區(qū)擴鎮(zhèn)并鄉(xiāng)，天井鄉(xiāng)并入莒溪鎮(zhèn)。

2011年4月蒼南縣鄉(xiāng)鎮(zhèn)區(qū)劃調(diào)整并入橋墩鎮(zhèn)。

2016年1月蒼南縣鄉(xiāng)鎮(zhèn)區(qū)劃調(diào)整時新設莒溪鎮(zhèn)。