唐、宋時期屬于弱水西悉董王轄區(qū)。
元朝屬于朵甘思宣慰使司都元帥府,由芒康臺吉管轄。
明代后期歸昌都強巴林寺管轄。
崇禎十五年(1642),噶丹頗章政權建立后,在桑昂曲宗地方設立桑昂曲宗(今林芝地區(qū)察隅縣)和作崗宗(今左貢縣),由噶丹頗章政權直接管理。
清雍正三年(1725),左貢地方復歸芒康臺吉管理。
宣統(tǒng)二年(1910),作崗宗改為科麥縣,隸屬昌都府。
1911年,實施改土歸流。
1918年,西藏地方政府將科麥縣改為左貢宗,歸朵麥基巧管理。
1939年,成立西康省,將科麥縣(左貢)劃入西康省。
1943年,西藏地方政府推行宗溪制,仍設左貢宗。
1950年,左貢轄有幫達宗、碧土宗、左貢宗3個宗,統(tǒng)稱左貢宗。
1950年10月,中國人民解放軍解放左貢宗,成立碧土解放委員會,后改為左貢宗解放委員會。
1960年1月,經國務院正式批準,撤銷左貢宗,設立左貢縣,隸屬昌都專區(qū)。
2014年,撤銷昌都地區(qū),設立地級昌都市,左貢縣隸屬昌都市。