清康熙二十五年(1686年),西藏地方政府設(shè)立噶本機(jī)構(gòu),昆莎部分區(qū)域?qū)侔⒗锔帘局睂賲^(qū),部分區(qū)域?qū)倌侨绫竞妥笞蟊竟茌,?dāng)時昆莎是阿里噶本冬季駐地。
1951年,阿里和平解放以后,昆莎曾作為中共阿里分工委和阿里騎兵支隊(duì)駐地,至1966年一直是阿里政治、軍事中心。
1960年,成立昆莎鄉(xiāng)。
1961年,在索麥村二組建立昆莎區(qū)公所。
1984年—1985年,昆莎區(qū)公所(今昆莎鄉(xiāng)人民政府駐地)從索麥二組搬遷到郭拉則松山腳下,距阿里地區(qū)駐地獅泉河鎮(zhèn)58千米。