東巴扎回族民族鄉(xiāng)1953年11月24日東巴扎鄉(xiāng)從城關區(qū)析出，成立相當于鄉(xiāng)一級的東巴扎回族自治區(qū)。

1956年，改為東巴扎回族自治鄉(xiāng)。

1958年撤區(qū)建社，成為東風人民公社（原一區(qū)）的第六生產(chǎn)大隊。

東巴扎回族自治鄉(xiāng)與馬場鄉(xiāng)，鐵提爾鄉(xiāng)，樹柏溝合并，成立了一個人民公社，命名為鄯善縣東風人民公社，東巴扎回族自治鄉(xiāng)改名東風人民公社第五生產(chǎn)大隊。

1984年12月11日，建立鄉(xiāng)級政權機構時從東風人民公社第六生產(chǎn)大隊分出，恢復了東巴扎回族鄉(xiāng)。