根據(jù)歷史考古發(fā)現(xiàn)，距今7000年前的新石器時期本鎮(zhèn)即有人類活動遺跡。

秦漢時期，武清設(shè)泉州、雍奴二縣。

北魏太平真君七年（446）撤泉州入雍奴，雍奴縣城遷至本鎮(zhèn)邱古莊。

自盛唐至明清以來，得漕運之利，全鎮(zhèn)經(jīng)濟發(fā)展、文化繁榮、人才輩出。

今鎮(zhèn)政府所在地白古屯村，文革時期更名為紅古屯，1982年恢復(fù)白古屯村名。

新中國成立后，本鎮(zhèn)各村先后屬武清縣九區(qū)、一區(qū)管轄。

1958年9月人民公社化，劃至城關(guān)紅旗人民公社。

1961年6月建東馬房公社，公社駐地東馬房村。

1968年改稱東馬房公社革命委員會。

1980年，復(fù)稱東馬房公社。

是年公社駐地遷至白古屯村。

1983年5月，更名為東馬房鄉(xiāng)。

1984年7月，改稱白古屯鄉(xiāng)。

2013年6月，撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，遂更名為白古屯鎮(zhèn)。