清朝，屬西關(guān)鄉(xiāng)伏江上二里。

民國初年，名清溪場，屬西關(guān)鄉(xiāng)。

民國十年（1921年），設(shè)清溪鄉(xiāng)，屬第二區(qū)。

民國十八年（1929年），屬第三區(qū)。

民國二十九年（1940年），石龍、同興2鄉(xiāng)并入。

民國三十年（1941年），石龍、同興2鄉(xiāng)析出。

民國三十一年（1942年），屬第六指導(dǎo)區(qū)。

民國三十四年（1945年），屬第四指導(dǎo)區(qū)。

民國三十六年（1947年），與石龍鄉(xiāng)合并為清石鄉(xiāng)。

1950年，石龍鄉(xiāng)析出，屬第五區(qū)。

1952年，南充縣浸水鄉(xiāng)第八、九、十村劃入。

1955年，改名清溪鄉(xiāng)，屬興隆區(qū)。

1959年，撤鄉(xiāng)。

1963年，設(shè)清溪鄉(xiāng)。

1966年10月，改為國強(qiáng)公社。

1971年，更名清溪公社，屬興隆區(qū)。

1981年，更名秦溪公社。

1984年3月，公社改鄉(xiāng)，屬興隆區(qū)。

1992年9月，撤興隆區(qū)，與鋪芽、團(tuán)結(jié)2鄉(xiāng)合并為秦溪鎮(zhèn)。

1994年6月，團(tuán)結(jié)鄉(xiāng)析出。

2019年12月，撤銷團(tuán)結(jié)鄉(xiāng)，將其所屬行政區(qū)域劃歸秦溪鎮(zhèn)管轄。