秦漢時(shí)期為葭萌縣縣治。

明初期柏龍里為柏龍分司駐地，明后期改稱柏龍?bào)A，清改成柏龍鄉(xiāng)。

清宣統(tǒng)三年{1911}年改為十四團(tuán)區(qū)。

民國初屬金帽鄉(xiāng)和第十四（王家）團(tuán)區(qū)。

1935年建柏龍聯(lián)保處。

1940年建柏龍鄉(xiāng)。

1950年建柏林鄉(xiāng)，屬廣元縣新場區(qū)公所。

1951年分柏林鄉(xiāng)東部建赤嵐鄉(xiāng)（同年赤嵐鄉(xiāng)改名共和鄉(xiāng)）。

1955年撤共和鄉(xiāng)分別并入柏林、新場兩鄉(xiāng)。

1958年改柏林鄉(xiāng)為柏林公社。

1965年屬衛(wèi)子區(qū)公所。

1966年境內(nèi)新民大隊(duì)劃屬太公公社。

1968年改柏林公社為柏林革命委員會。

1981年改柏林革命委員會為柏林溝公社。

1984年改柏林溝公社為柏林溝鄉(xiāng)。

1985年屬廣元市市中區(qū)。

1986年屬廣元市衛(wèi)子區(qū)公所。

1989年屬廣元市元壩區(qū)。

1992年將清水鄉(xiāng)并入柏林溝鄉(xiāng)，建柏林溝鎮(zhèn)。

1995年復(fù)置清水鄉(xiāng)。

2019年，撤銷文村鄉(xiāng)，將原文村鄉(xiāng)文村社區(qū)、助國村、銀豐村、雙龍村、黨陽村和原石井鋪鎮(zhèn)長嶺村、八廟村所屬行政區(qū)域劃歸柏林溝鎮(zhèn)管轄。