鎮(zhèn)境夏商周時，為古蜀國領地。

秦朝時屬蜀郡，漢朝屬犍為郡南安縣（今樂山），漢通西南夷后，于清溪鎮(zhèn)設清溪驛。

兩晉南北朝基本沿襲舊制。

北周屬戎州（今宜賓），保定三（563年）年，今犍為縣境置沉犀郡，轄武陽縣，鎮(zhèn)境屬之。

沉犀郡郡治一說在岷江東岸，一說在今清溪鎮(zhèn)沉犀壩。

隋朝開皇三年（583年），沉犀郡廢，改武陽縣為戎州犍為縣，鎮(zhèn)境屬之。

唐朝永徽元年（650年），于今清溪鎮(zhèn)，在始置懲非鎮(zhèn)。

唐朝上元元年（674年），改犍為縣屬嘉州，鎮(zhèn)境屬嘉州犍為縣并沿襲到今。

宋朝真宗大中祥符四年（1011年），始為犍為縣治所，至明朝洪武四年（1371年）作縣治所共歷360年時間。

明洪武九年（1376年），因清水溪流過，舊有清溪驛，遂改名清溪鄉(xiāng)，后改清溪鎮(zhèn)。

1910年，改為德裕鎮(zhèn)。

民國二十二年（1933年），復改為清溪鎮(zhèn)，轄36保。

1953年，土改時分置為清溪鎮(zhèn)（只轄街道居民）、龍馬鄉(xiāng)、永樂鄉(xiāng)、沉犀鄉(xiāng)、公益鄉(xiāng)、四平鄉(xiāng)、永安鄉(xiāng)、新建鄉(xiāng)。

1955年12月，撤銷新建鄉(xiāng)，將原孝姑15保、榨鼓第9保分別劃入孝姑、榨鼓兩鄉(xiāng)，其余并入四平鄉(xiāng)。

1956年3月，永樂鄉(xiāng)和沉犀鄉(xiāng)并入龍馬鄉(xiāng)。

公益鄉(xiāng)、永安鄉(xiāng)并入四平鄉(xiāng)，清溪鎮(zhèn)仍只轄街道。

1958年9月，龍馬、四平、麻柳、九井4鄉(xiāng)和清溪鎮(zhèn)合并建立清溪人民公社。

1959年7月，撤銷清溪人民公社，分置為清溪鎮(zhèn)（只轄街道）和龍馬、四平、麻柳、九井4個公社。

1962年7月分別從四平、孝姑、榨鼓劃出原新建鄉(xiāng)轄地建立新建人民公社。

1981年9月，新建公社更名為南岸公社，龍馬公社更名為洛江公社。

1990年1月，撤銷洛江鄉(xiāng)并入清溪鎮(zhèn)。

1992年8月，撤銷四平鄉(xiāng)和南岸鄉(xiāng)并入清溪鎮(zhèn)。