1949年解放后屬4區(qū)（駐地威遠(yuǎn)堡）稱行政村。

1953年屬4區(qū)（駐地威遠(yuǎn)堡）威坪堡鄉(xiāng)，稱行政村。

1956年撤區(qū)劃鄉(xiāng)，屬威坪堡鄉(xiāng)，并成立農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社，稱耿家溝農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社。

1958年左云、右玉兩縣合并，屬左云縣飛躍人民公社（駐地威遠(yuǎn)堡）稱農(nóng)業(yè)生產(chǎn)大隊(duì)。

1961年復(fù)右玉縣屬威遠(yuǎn)堡人民公社，仍稱生產(chǎn)大隊(duì)。

1984年9月建立威遠(yuǎn)堡人民政府，同時(shí)成立耿家溝村委會(huì)至今。

2001年撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，隸屬威遠(yuǎn)鎮(zhèn)，仍稱耿家溝村民委員會(huì)。