清嘉慶十四年（1809年），從西鄉(xiāng)縣劃歸定遠廳轄，設東鄉(xiāng)歸仁里蠟溪地。

民國三年（1914年），設置鎮(zhèn)巴縣東區(qū)納溪村。

民國二十五年（1936年），設納溪聯(lián)保1、2、3、4、5、6保。

民國二十九年（1940年），設納溪鄉(xiāng)1、2、3保。

1950年，設納溪區(qū)碾子埡鄉(xiāng)和黃汜埡鄉(xiāng)。

1950年5月，并入觀音區(qū)。

1955年5月，設碾子區(qū)碾子、三官、仁壽、上壩、后河鄉(xiāng)。

1956年5月，合并為碾子埡公社。

1961年，設碾子埡公社三官、上壩、后河管理區(qū)。

1963年9月，更名碾子區(qū)公所三官、新廟、后河公社。

1966年12月，更名東風區(qū)東風、新生、后河公社。

1971年2月，恢復為碾子區(qū)所轄東風、新生、后河公社。

1980年，碾子區(qū)區(qū)公所駐地遷今址。

1981年1月，東風公社更名為碾子公社。

1984年5月，改設為碾子區(qū)公所、碾子、新廟、后河鄉(xiāng)。

1996年5月，將三鄉(xiāng)合并為碾子鎮(zhèn)。