明朝萬歷十一年（1583年）復置長武縣時，馬屋村歸屬亭口里管轄，沿襲至民國初年，隨歷史演變，曾劃歸進賢里管轄，民國末年又歸屬亭口鄉(xiāng)公所管轄。

解放后，長武縣改設五區(qū)，馬屋仍復歸東區(qū)亭口管轄。

1956年，原屬該村的“馬屋寶蓋”劃歸二廠管轄，該村的山頂、園子溝、朱家?guī)X劃歸下孟管轄，并成立了“三豐”農業(yè)合作社，馬屋村所含現有的三個村民小組則稱為“禾豐”農業(yè)合作社，歸屬冉店鄉(xiāng)管轄。

1958年人民公社化時，馬屋村改為生產大隊，編為第三、四生產隊，擴編了上孟溝口為第一生產隊，下孟村溝口為第二生產隊，歸冉店生產管理區(qū)所管轄。

1959年歸長武人民公社管轄，1961年歸冉店人民公社管轄，1981年，在原來第三生產隊的基礎上將第三生產組及第二生產組一部分編為第五生產隊，歸屬未變。

1984年，馬屋大隊第一、二生產隊分別單列成立了上河村、下河村，第三、四、五生產隊合編成立了馬屋村村民委員會，歸冉店鄉(xiāng)人民政府管轄。

2011年，撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，歸亭口鎮(zhèn)人民政府管轄。

2015年下河村合并至馬屋村。

2017年，下孟村合并至馬屋村，歸亭口鎮(zhèn)人民政府管轄至今。