清雍正四年（1726）建南匯縣，大團地區(qū)隸屬于江蘇省松江府南匯縣。

宣統(tǒng)三年（1911）建大團鄉(xiāng)，1929年置大團鎮(zhèn)。

1934至1949年屬南匯縣第八區(qū)公所，后屬南匯縣第六鄉(xiāng)鎮(zhèn)聯(lián)合辦事處，改名為大團區(qū)政府。

1956年，大團鎮(zhèn)為南匯縣屬鎮(zhèn)。

1958年末，南匯縣隸屬上海市。

1958年9月建立大團公社，1984年2月，撤銷公社建制，建立大團鄉(xiāng)。

1994年4月，撤銷大團鎮(zhèn)、大團鄉(xiāng)建制，組建大團鎮(zhèn)，實行鎮(zhèn)管村體制；2003年5月，原大團鎮(zhèn)、三墩鎮(zhèn)建制撤銷，建立新的大團鎮(zhèn)。

2009年4月，撤銷南匯區(qū)建制，并入浦東新區(qū)，大團鎮(zhèn)隸屬上海市浦東新區(qū)。

2010年10月1日，大團鎮(zhèn)人民政府駐地從永春東路10號遷至南蘆公路899號。