鎮(zhèn)機關駐吳村，此地自古至今，為曲阜城北重鎮(zhèn)，農(nóng)歷一、六為集，是本地政治、經(jīng)濟、文化中心。

清至1930年間全縣為3鄉(xiāng)16社，此地屬吳村社。

1930年9月，全縣設5區(qū)92鄉(xiāng)。

全鎮(zhèn)境內(nèi)的村分別屬第二區(qū)和第三區(qū)。

1946年，全縣為9區(qū)，此鎮(zhèn)為4區(qū)。

1948年全縣設10區(qū)，仍為4區(qū)。

1958年3月撤區(qū)，為吳村、峪口鄉(xiāng)。

1958年9月成立吳村人民公社，1986年改稱吳村鎮(zhèn)至今。

2020年行政村建制優(yōu)化后轄20個村委會。