1949年屬博平縣第五區(qū)。

1956年博平縣并入茌平縣，設為菜屯區(qū)。

1957年為菜屯鄉(xiāng)。

1958年成立菜屯人民公社。

1962年又恢復為菜屯區(qū)。

1971年撤區(qū)并社，將菜屯區(qū)的西紙坊頭、后陳莊、郭堤口、崔老莊、大朱5個自然村劃歸賈寨人民公社，李井范、乜堂、朱樓、蔣莊、許寨、王麻子、田莊、許莊8個自然村劃為肖莊人民公社，更名菜屯人民公社。

1984年7月，設為菜屯鎮(zhèn)。

2019年茌平撤縣設區(qū)，屬聊城市茌平區(qū)管轄至今。