春秋屬魯?shù),?zhàn)國(guó)屬齊國(guó)亢父縣,秦屬爰戚縣。
民國(guó)時(shí)期,金屯鎮(zhèn)大部分村莊屬濟(jì)寧縣轄,1948年劃歸嘉祥縣二區(qū),區(qū)駐地在金屯村。
1958年成立先鋒人民公社,同年嘉祥縣撤銷(xiāo),大部分村莊劃歸濟(jì)寧市,南部4個(gè)村劃歸金鄉(xiāng)縣羊山人民公社,西部四個(gè)村劃歸高峰人民公社。
1962年恢復(fù)嘉祥縣建制,始建金屯人民公社,1980年更名王固堆人民公社。
1984年農(nóng)村體制改革中更名為王固堆鄉(xiāng),1999年7月撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn),更名為金屯鎮(zhèn),并沿用至今。