清朝末期至1948年,吳家堡鎮(zhèn)屬長清縣。
1951年1月,建立濟(jì)南市郊區(qū)辦事處,該鎮(zhèn)歸屬于郊四區(qū)、郊五區(qū)。
1955年6月,郊四區(qū)改名為藥山區(qū),郊五區(qū)改名為玉符區(qū)。
1956年3月,郊區(qū)辦事處改為郊區(qū)人民政府,同時藥山鄉(xiāng)又劃分為藥山鄉(xiāng)和藥西鄉(xiāng)。
1958年,郊區(qū)劃入歷城縣,同時藥山鄉(xiāng)和藥西鄉(xiāng)又合并為藥山鄉(xiāng)。
9月成立西郊人民公社,該鎮(zhèn)隸屬西郊人民公社。
1960年6月,西郊人民公社劃歸濟(jì)南市槐蔭人民公社。
1961年7月,現(xiàn)吳家堡鎮(zhèn)范圍內(nèi)劃分二個公社(吳家堡人民公社、王莊人民公社),復(fù)隸歷城縣管轄。
1968年8月,改為太陽升人民公社。
1972年5月,改名為吳家堡人民公社。
1980年4月,又隸屬郊區(qū)管轄。
1983年11月,改名為濟(jì)南市郊區(qū)吳家堡辦事處。
1985年9月,改為吳家堡鎮(zhèn)。
1987年5月,撤郊區(qū)隸屬濟(jì)南市槐蔭區(qū)。
1993年12月,將原屬鎮(zhèn)東部14個行政村劃歸槐蔭區(qū)美里湖辦事處,西部12個行政村劃歸西市場、道德街、振興街三個辦事處管轄。
1995年8月,西部原12個行政村又劃歸吳家堡鎮(zhèn)管轄。
吳家堡鎮(zhèn)隸屬槐蔭區(qū)管轄。
2013年11月,撤銷吳家堡鎮(zhèn),設(shè)立吳家堡街道辦事處。