馬山鎮(zhèn)歷史悠久，境內有大崖、季家等商周時期文化遺址。

春秋時地處齊魯兩國邊境，漢屬盧縣，五代時始屬長清縣。

民國初年，屬漢盧區(qū)及中川區(qū)一部分。

抗日戰(zhàn)爭前后為七區(qū)和六區(qū)一部分。

1952年為第七區(qū)。

1956年為馬東區(qū)一部分。

1958年撤區(qū)并鄉(xiāng)后為馬山鄉(xiāng)和崮頭鄉(xiāng)一部分，是年建立了馬山人民公社。

1959年撤消長清縣建制，劃屬肥城縣。

1961年恢復長清縣建制時還屬。

1984年，撤消馬山公社建馬山區(qū)。

1985年改馬山區(qū)建馬山鄉(xiāng)。

1995年4月改鄉(xiāng)建馬山鎮(zhèn)。