西周為盧子國、祝國、邿國一部分，春秋為齊盧邑、清邑地。

秦代設盧縣（治今孝里鎮(zhèn)），屬濟北郡。

西漢時為泰山郡盧縣、北安縣、茌縣和平原郡祝阿縣地，盧縣為都尉治。

東漢為濟北國治，三國魏時為濟北國盧縣、泰山郡山茌縣和濟南國祝阿縣地。

西晉時為濟北國盧縣、泰山郡山茌縣、濟南郡祝阿縣地。

南北朝時初屬南朝宋，后屬北魏，縣境為僑置東太原郡山茌縣、太原縣、祝阿縣、盧縣地。

隋開皇五年（前586）以東太原郡治所置長清鎮(zhèn)，十四年（前594）以長清鎮(zhèn)置長清縣。

因域臨清水而得名。

唐代省豐齊、山茌二縣并入長清縣。

五代又省盧縣并入長清縣。

北宋至道二年（996）長清縣治遷刺榆店，即今長清老城區(qū)，時屬京東東路濟南府。

金代屬山東東路濟南府。

元改屬泰安州。

明初屬山東行省濟南府，宣德三年（1428）后改屬山東布政使司濟南府。

清屬濟南府。

民國成立以后，曾先后屬岱北道、濟南道、山東省政府。

1939年成立長清縣抗日民主政府后，隸屬泰西專屬。

中華人民共和國成立以后，隸屬泰安專署。

1958年改屬濟南市。

1959年10月撤銷長清縣。

1961年5月復縣后劃歸泰安專署。

1978年11月還屬濟南市。

2001年6月26日撤縣設區(qū)。