元朝、明朝時期，由撒拉族土司管轄。

清朝時期，為查汗大寺工屬地，由撒拉族下四工世襲千戶管轄。

民國二十五年（1936年），屬第一區(qū)查汗大寺，蘇只鄉(xiāng)。

1952年7月27日，歸第四區(qū)。

1955年8月10日，屬街子轄區(qū)。

1956年8月21日，撤區(qū)，仍設蘇只鄉(xiāng)。

1958年7月，為團結鄉(xiāng)，同年9月1日，合并成立紅旗公社。

1961年7月1日，紅旗公社撤銷，成立查汗大寺公社。

1966年10月3日，改為紅旗公社。

1984年6月，社改鄉(xiāng)，更名為查汗都斯鄉(xiāng)。