科爾沁左翼后旗，科爾沁系蒙古語，意為是弓箭手或弓箭者之意。

戰(zhàn)國(guó)時(shí)期，屬東胡民族活動(dòng)地區(qū)。

秦朝時(shí)期，曾為匈奴汗國(guó)左賢王統(tǒng)轄。

西漢時(shí)期，屬遼東郡北境。

東漢及魏晉南北朝時(shí)期，為鮮卑族控制地區(qū)。

唐朝時(shí)期，屬契丹民族住地，隸屬松漠都督府。

遼朝時(shí)期，為上京道頭下軍州地。

金朝時(shí)期，為臨潢府路所轄。

元朝時(shí)期，隸屬于行中書省寧昌路北境。

明朝時(shí)期，曾屬兀良哈三衛(wèi)中的福余衛(wèi)游牧。

明朝末期，游牧于嫩江流域的科爾沁部取代福余衛(wèi)兵后駐其地，其南部邊境逐步到達(dá)盛京邊墻，歸屬元太祖弟哈布圖哈薩爾十七世孫明安所統(tǒng)帥的兀魯特蒙古一部游牧。

明萬歷四十年（1612年），明安女嫁努爾哈赤，蒙滿聯(lián)姻。

明萬歷四十四年（1616年），努爾哈赤統(tǒng)一女真建立后金，科爾沁部歸后金國(guó)節(jié)制。

明崇禎五年（1632年），改隸滿州正黃旗。

明崇禎九年（1636年），曾和賓圖郡王旗（科左前旗）合為一旗。

清朝初期，代屬外藩蒙古內(nèi)札薩克，直隸于理藩院，軍國(guó)大事受盛京將軍節(jié)制，會(huì)盟地在哲里木（今興安盟科爾沁右翼中旗境內(nèi)）。

清順治七年（1650年），設(shè)科爾沁左翼后旗札薩克，彰吉倫為和碩郡王。

清咸豐五年（1855年），僧格林沁晉升為親王，賜“博多勒噶臺(tái)”號(hào)，稱博多勒噶臺(tái)親王旗，簡(jiǎn)稱“博王旗”，一直沿稱到民國(guó)二十年（1931年）。

民國(guó)時(shí)期，歸屬奉天省，受哲里木盟盟長(zhǎng)監(jiān)督，地方軍事由洮遼鎮(zhèn)守使支配，駐地博王府（今吉爾嘎朗鎮(zhèn)）。

民國(guó)二十年（1931年），“九一八”事變后，翌年成立偽滿洲國(guó)，設(shè)東科后旗公署，隸屬興安南分省和興安總省。

民國(guó)三十四年（1945年），“八一五”光復(fù)后旗內(nèi)各界人士共議建立東科后旗地方自治政府。

民國(guó)三十五年（1946年）3月，改民主政府，隸屬科爾沁左翼三旗聯(lián)合辦事處、興安南地區(qū)行署和哲里木省政府。

同年9月，國(guó)民黨在吉爾嘎朗成立國(guó)民黨東科后旗政府，歸屬遼北省管轄。

民國(guó)三十六年（1947年）6月，恢復(fù)東科后旗民主政府，歸屬內(nèi)蒙古自治區(qū)。

同年7月，恢復(fù)為科爾沁左翼后旗。

1953年6月，哲盟撤銷，歸屬內(nèi)蒙古自治區(qū)東部區(qū)行署。

1954年4月20日，東部區(qū)行署撤銷，復(fù)隸屬于新恢復(fù)的哲里木盟。

1969年7月1日，科爾沁左翼后旗同哲里木盟劃歸吉林省。

1979年7月1日，科爾沁左翼后旗同哲里木盟劃回內(nèi)蒙古自治區(qū)。

1999年2月，撤銷哲里木盟改設(shè)地級(jí)通遼市，科爾沁左翼后旗由通遼市管轄。