民國(guó)元年，巴州屬四川軍政府保寧府。

民國(guó)2年，改巴州為巴中縣，并設(shè)江口分縣署，屬川北道（治今閬中）。

民國(guó)3年，改屬嘉陵道（治今南充）。

從民國(guó)6年起，巴中為四川軍閥鄭啟和、潘文華、劉存厚、田頌堯等相互爭(zhēng)奪，制無(wú)常規(guī)。

至民國(guó)10年，為田頌堯所獨(dú)據(jù)，縣屬?lài)?guó)民革命軍第二十九軍駐區(qū)事務(wù)署（駐今三臺(tái)縣）。

1933年，紅軍在通江、南江、巴中建立川陜革命根據(jù)地。

7月上旬，巴中縣城成為川陜革命根據(jù)地的首府。

1934年，川陜省委、省蘇遷駐通江和旺蒼壩（今旺蒼縣城），9月11日又遷回巴中城，直至1935年3月撤離北上。

川陜省蘇區(qū)按省、道、縣（市）的行政建制，轄2道、1市、23縣。

今縣境內(nèi)，置1市（巴中特別市）、3縣（巴中、恩陽(yáng)、長(zhǎng)勝）。

巴州鎮(zhèn)為省、道、市蘇維埃的駐地。

民國(guó)24年（1935年）春，紅軍撤離。

巴中隸屬第十五行政督察區(qū)（駐今達(dá)縣市）。

民國(guó)33年11月11日，政務(wù)院準(zhǔn)予轄區(qū)分設(shè)平昌設(shè)治局。

民國(guó)34年，以第三區(qū)治江口鎮(zhèn)為局址正式設(shè)立。

1950年元月19日，巴中縣屬西南區(qū)川北行政區(qū)達(dá)縣專(zhuān)區(qū)。

1952年9月，縣屬四川省達(dá)縣專(zhuān)區(qū)（地區(qū)），至1985年無(wú)變動(dòng)。

1993年7月27日，撤銷(xiāo)巴中縣，設(shè)立巴中市（縣級(jí)），以縣行政區(qū)域?yàn)槭行姓䥇^(qū)域，隸屬巴中地區(qū)行政公署。

2000年，撤地建市、撤市建區(qū)，巴州區(qū)隸屬巴中市至今。