1956年撤區(qū)并鄉(xiāng)后，屬饒平縣糧田鄉(xiāng)。

1958年設馬徑大隊，屬三饒公社。

1962年從馬徑大隊拆出，稱芽坑大隊。

1979年改稱芽坑大隊。

1983年撤銷公社建制，稱芽坑鄉(xiāng)，屬三饒區(qū)。

1986年稱芽坑村委會，屬三饒鎮(zhèn)。

1990年稱芽坑管理區(qū)，屬三饒鎮(zhèn)。

1999年稱芽坑村委會，屬三饒鎮(zhèn)，沿用至今。