宋明道年間，王姓居旗桿下高地，此處漸成“墟”市，取姓氏與墟為名，因墟與祁諧音，曾稱王祁。明朱雹璋興文字獄后，一為避“王祁”“皇旗”之諱；二是當(dāng)時(shí)正值全國(guó)編田，此處屬“玉”字圖號(hào)；三是體現(xiàn)芙蓉湖水鄉(xiāng)地貌特征，遂于洪武二十四年，改稱玉祁，象征高地如芙蓉湖中之玉（寶），故名。