當(dāng)時聶拉木地區(qū)劃歸葉如。

元至元十三年（1276），八思巴在前后藏新建十三個萬戶區(qū)，聶拉木屬后藏拉堆洛萬戶，屬阿里管轄。

元至正十四年（1354），西藏薩迦王朝內(nèi)訌，帕木竹巴政權(quán)絳曲堅參進(jìn)攻薩迦，并在乃東建地方政權(quán)，聶拉木地方歸屬該政權(quán)。

明朝命烏斯藏境內(nèi)復(fù)驛站，聶拉木屬藏區(qū)最南端的一個驛站。

從此，聶拉木地區(qū)正式作為烏斯藏的一個行政區(qū)，受帕木竹巴政權(quán)管轄。

17世紀(jì)中葉，噶丹頗章政權(quán)沿襲“宗谿”制，設(shè)立聶拉木宗、絨轄谿。

清乾隆十六年（1751），廢除西藏的藏王制，正式建立地方噶廈政府。

與此同時，聶拉木地區(qū)直接由噶廈政府管理，并在聶拉木設(shè)立雪巴機(jī)構(gòu)（相當(dāng)于縣級），主要從事聶拉木地區(qū)的稅收、邊境管理等工作（源自《藏族簡史》）。

清乾隆五十二年（1787年6月，藏歷水羊年），廓爾喀兵入侵西藏占聶拉木地區(qū)，直逼協(xié)嘎爾。

清乾隆五十七年（1792），清朝派兵擊退廓爾喀軍，隨后，聶拉木地區(qū)失地收回，由西藏地方政府管轄。

1952年，十世班禪額爾德尼返藏，恢復(fù)地位和職權(quán)后，就出現(xiàn)了噶廈轄區(qū)、班禪堪布轄區(qū)和昌都人民解放委員會三個行政單位轄區(qū)。

1960年1月，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷聶拉木宗和絨轄谿，合并設(shè)置聶拉木縣，屬日喀則專區(qū)管轄，同年5月成立縣人民政府。

1970年，改屬日喀則地區(qū)管轄。

1984年，聶拉木縣實行政社分開，撤銷15個人民公社，建立15個鄉(xiāng)人民政府，同時建立49個村委會。

1999年，為適應(yīng)經(jīng)濟(jì)建設(shè)和發(fā)展小城鎮(zhèn)的形勢需要，經(jīng)自治區(qū)批準(zhǔn)，縣城駐地充堆鄉(xiāng)改設(shè)為聶拉木鎮(zhèn)。

全縣行政區(qū)劃為5鄉(xiāng)2鎮(zhèn)，45個村（居）委會。

2014年，日喀則地區(qū)撤地設(shè)市，聶拉木縣改屬日喀則市管轄。