清乾隆八年（1743）屬直隸省承德州塔子溝廳轄。

清乾隆四十三年（1778）屬直隸省承德府建昌縣（凌源鎮(zhèn)）黑山科鄉(xiāng)轄。

民國三年（1914）屬熱河特別區(qū)凌源縣第三區(qū)（藥王廟）轄。

民國二十年（1931）屬熱河省凌南縣第三區(qū)（藥王廟）轄。

1933年屬凌南縣第三保（藥王廟）轄。

偽康德四年（1937）凌源、凌南兩縣合并，復名建昌縣，屬黑山科村轄。

偽康德七年（1940）建昌縣與喀喇沁左旗合并，屬喀喇沁左旗轄。

1945年屬熱河省建東縣黑山科區(qū)轄，同年，撤銷建東縣，歸建昌縣轄。

1949年屬建昌縣第九區(qū)（黑山科）轄。

1956年并區(qū)劃鄉(xiāng)，由原來的區(qū)村制改為區(qū)鄉(xiāng)制轄。

1958年撤區(qū)并鄉(xiāng)，實現(xiàn)了人民公社化，實行了政社合一的管理體制，成立黑山科人民公社。

1984年撤銷人民公社成立黑山科鄉(xiāng)至今。