西周前，屬揚州域。

春秋，為百越之地。

戰(zhàn)國，先屬越、后屬楚。

秦統(tǒng)一后，屬九江郡。

漢高帝六年（前201年），設(shè)置贛縣后，湖邊歸屬贛縣。

民國元年（1912年）后，湖邊仍歸贛縣管轄；民國十七年（1928年），設(shè)區(qū)保制，區(qū)下設(shè)保；民國二十四年（1935年），改屬贛縣第二區(qū)第八、九、十聯(lián)保；民國二十八年（1939年），改聯(lián)保為鄉(xiāng)，屬贛縣第二區(qū)水西鄉(xiāng)；民國三十八年（1949年）8月14日，仍歸贛縣，后取消保甲制，設(shè)區(qū)鄉(xiāng)村制，同年9月，成立水西區(qū)。

1950年，改名湖邊區(qū)。

1958年，撤銷湖邊區(qū)，成立紅旗公社，撤鄉(xiāng)設(shè)立湖邊管理區(qū)，撤并村設(shè)立17工區(qū)。

1961年4月14日，屬贛州市。

1963年，撤銷湖邊管理區(qū)。

1968年11月，湖邊公社由30生產(chǎn)大隊合并為17生產(chǎn)大隊。

1978年1月10日，湖邊公社劃屬贛州市。

1984年4月18日，湖邊公社改名湖邊鄉(xiāng)。

1989年12月，調(diào)整鄉(xiāng)鎮(zhèn)級政區(qū)，析設(shè)哈湖鄉(xiāng)。

1996年，湖邊鄉(xiāng)楊梅、大平村劃歸贛州市黃金嶺經(jīng)濟開發(fā)區(qū)（今贛州開發(fā)區(qū)）。

1998年8月，撤銷湖邊鄉(xiāng)，設(shè)立湖邊鎮(zhèn)。

2000年5月，湖邊鎮(zhèn)螺田村、龍嶺村袁屋組劃歸贛州開發(fā)區(qū)。

2001年8月，蛤湖鄉(xiāng)并入湖邊鎮(zhèn)。

2008年9月，湖邊鎮(zhèn)劃入贛州開發(fā)區(qū)，劃出橫江、坳頭、蛤湖、永安、窯背、上禾、窯下7村給章貢區(qū)水西鎮(zhèn)。