公元前221年，秦推行郡縣制，在今棗陽境內(nèi)置蔡陽縣。

吳店原為舂陵侯國，與蔡陽縣同屬南陽郡。

東漢建武六年（30），升舂陵鄉(xiāng)為章陵縣，獻(xiàn)帝建安年間（196-219），分南陽郡地置章陵郡，為荊州八郡之一。

今吳店地區(qū)屬章陵郡章陵縣管轄。

曹魏文帝黃初二年（221），降章陵郡為縣，改章陵為安昌縣。

同時設(shè)立義陽郡，后義陽郡廢，吳店仍屬南陽郡安昌縣管轄。

西晉武帝泰始元年（265）復(fù)置義陽郡，吳店地區(qū)屬義陽郡安昌縣。

西魏（535-556）改置昌州，以安昌置安昌郡，并置舂陵縣，吳店地區(qū)屬安昌郡舂陵縣管轄。

隋開皇初（581）郡廢，縣屬昌州。

隋煬帝大業(yè)初（605）州廢，重置舂陵郡。

郡治所移至棗陽，舂陵仍為舂陵縣。

今吳店地區(qū)屬舂陵郡舂陵縣管轄。

唐初（618）仍曰舂陵縣，亦屬昌州。

唐武德初（618）郡廢。

武徳五年（622）廢昌州。

唐貞觀元年（627）省舂陵縣入棗陽縣。

至此，吳店地區(qū)屬棗陽縣管轄。

至清朝（1636-1912），今吳店地區(qū)屬棗陽縣居仁里管轄。

清朝（1636-1912），棗陽縣劃分為10個區(qū)，吳店地域?qū)亵┝昴蠀^(qū)白水鎮(zhèn)。

1912年，沿用清朝（1636-1912）的行政區(qū)劃，棗陽仍劃分為10個區(qū)，今吳店地區(qū)為南一區(qū)吳家店鄉(xiāng)。

自此，吳家店作為行政區(qū)域名稱替代了原來的“白水”、“舂陵”正式被使用，后又簡稱吳店。

1937年，全縣劃分為4個區(qū)29個聯(lián)保，今吳店地區(qū)屬第三區(qū)署吳家店聯(lián)保。

1941年，實行新縣制，全縣劃分為鹿頭和平林兩個區(qū)署，24個鄉(xiāng)鎮(zhèn)，吳店轄區(qū)屬平林區(qū)吳店鄉(xiāng)。

1947年，撤銷鹿頭、平林兩個區(qū)署，全縣劃分為26個鄉(xiāng)鎮(zhèn)，吳店仍稱為吳店鄉(xiāng)。

1947年冬吳店解放，棗陽南部、吳店北部屬于城南區(qū)，城南區(qū)和吳店鄉(xiāng)，均屬于洪山縣管轄。

1948年1月，撤銷城南區(qū)，設(shè)吳店鎮(zhèn)、吳店區(qū)，屬新成立的隨棗縣管轄。

1949年5月，撤銷隨棗縣，設(shè)襄棗宜縣。

以棗陽縣的襄（襄陽）花（孝感花園）公路以南改為棗南縣，吳店鎮(zhèn)、吳店區(qū)均屬棗南縣管轄。

1949年8月，正式宣布成立湖北省襄陽地區(qū)專署，同時撤銷棗南縣、棗北縣，原舊制棗陽縣除平林、清潭兩區(qū)劃歸洪山縣外，正式恢復(fù)棗陽縣。

將原來的吳店區(qū)、吳店鎮(zhèn)、萬善區(qū)合并為吳店區(qū)。

1956年，全縣劃分為6個區(qū)，吳店設(shè)區(qū)，將熊集區(qū)（含梁集、耿集兩個集鎮(zhèn)）合并至吳店區(qū)。

1958年8月，原吳店區(qū)改為吳店人民公社，另將合并的熊集區(qū)分別成立熊集、梁集兩個人民公社。

1962年，吳店人民公社又改為吳店區(qū)。

1975年，撤區(qū)并社，吳店區(qū)又更名為吳店人民公社。

1984年3月，棗陽縣設(shè)區(qū)建鎮(zhèn)，撤銷公社。

吳店設(shè)吳店區(qū)和吳店鎮(zhèn)。

吳店區(qū)管轄吳店地區(qū)，吳店鎮(zhèn)為縣轄鎮(zhèn)。

1984年8月，實行區(qū)鎮(zhèn)合并，成立吳店鎮(zhèn)。

2001年，湖北省實行鄉(xiāng)鎮(zhèn)體制綜合配套改革，棗陽市將原來的26個鄉(xiāng)鎮(zhèn)合并為16個鄉(xiāng)鎮(zhèn)，原清潭鎮(zhèn)并入?yún)堑赕?zhèn)。