明、清時期隸屬于太東鄉(xiāng)。

民國時期隸屬于第三區(qū)。

1930年4月至12月隸屬于復(fù)盛區(qū)。

抗戰(zhàn)時期隸屬于梅川區(qū)。

1943年復(fù)屬于太東鄉(xiāng)。

1952年隸屬于第二區(qū)。

1958年成立馬干大隊，隸屬于余川人民公社。

1961年隸屬于余川區(qū)太平小公社。

1975年隸屬于太平公社。

1984年全縣開展調(diào)整區(qū)、鄉(xiāng)、鎮(zhèn)設(shè)置工作，調(diào)整為馬干村，隸屬于余川區(qū)。

1987年隸屬于太平鄉(xiāng)。

2000年，太平鄉(xiāng)與余川鎮(zhèn)合并為新的余川鎮(zhèn)，隸屬于余川鎮(zhèn)，沿用至今。