北宋元豐三年(1080)“藕池鎮(zhèn)屬石首一鎮(zhèn)”,后屬石首縣西鄉(xiāng)。
1939年,在此設(shè)區(qū),下轄鄉(xiāng),保。
1942年,共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)的石(首)公(安)華(容)行政委員會(huì)在此設(shè)過(guò)藕池聯(lián)鄉(xiāng)政府,下轄5鄉(xiāng)。
建國(guó)后,設(shè)藕池區(qū),下轄5鄉(xiāng)。
1950年成立藕池鎮(zhèn)人民政府,下設(shè)街道委員會(huì)。
1958年,成立藕池人民公社。
1961年恢復(fù)為鎮(zhèn),三個(gè)分社改名為街道。
1965年從石首縣劃歸公安縣管轄,為縣轄鎮(zhèn)之一。
1975年成立藕池人民公社,下轄街道和農(nóng)村管理區(qū)。
1978年又恢復(fù)為鎮(zhèn),下轄民主、人民兩個(gè)街道辦事處和烽火蔬菜隊(duì)。
1987年1月鎮(zhèn)區(qū)合一(南閘區(qū));1987年10月為藕池鎮(zhèn)。