清代為馮家灘會，民國屬廉讓鄉(xiāng)。

1949年10月高店村屬巡店區(qū)。

1952年10月屬第二區(qū)高店鄉(xiāng)轄。

1956年3月屬第三指導(dǎo)小組高店鄉(xiāng)轄。

1958年9月，高店村改為高店大隊(duì)，屬幸福人民公社高店管理區(qū)轄；同年底屬巡店人民公社高店管理區(qū)轄。

1961年4月屬巡店區(qū)高店人民公社轄。

1975年2月屬巡店人民公社高店管理區(qū)轄。

1984年1月，高店大隊(duì)改為高店村，屬巡店鎮(zhèn)高店鄉(xiāng)轄。

1987年10月屬辛榨鄉(xiāng)轄，沿用至今。