唐、宋間屬清云鄉(xiāng)腹地。

明、清中北部屬趙市里，西南部屬長(zhǎng)江河里。

民國(guó)初屬長(zhǎng)興區(qū)。

1940年屬長(zhǎng)黃鄉(xiāng)。

1947年至1948年先后屬盧大街區(qū)、張老埠區(qū)。

1949年屬?gòu)埨喜簠^(qū)，同年底改屬陳淋區(qū)。

1951年西部幾鄉(xiāng)劃屬武廟集區(qū)。

1956年建祖師廟中心鄉(xiāng)、王樓中心鄉(xiāng)。

1958年設(shè)祖師、萬崗管理片，屬紅蘇（大）公社（駐武廟集）。

1959年改屬陳淋（大）公社。

1961年改建祖師、萬崗等（小）公社，屬陳淋區(qū)。

1962年重建祖師公社。

1983年改設(shè)祖師廟鄉(xiāng)。

2013年改置祖師廟鎮(zhèn)。