清代，屬寧古塔副都統(tǒng)管轄。

清光緒八年（1882），設(shè)置穆棱河屯田局，駐釣魚臺“卡倫舊房”（今穆棱鎮(zhèn)南）。

清光緒九年（1883），改設(shè)穆棱河招墾局，移駐上城子（今興源鎮(zhèn)）。

清光緒二十七年（1901），中東鐵路通車設(shè)站，稱“九站”。

此后墾民日漸增多，大批俄國人也乘機(jī)流入，設(shè)屯建宅定居，商業(yè)漸趨繁茂。

清宣統(tǒng)元年（1909）隸屬穆棱縣管轄。

1912年，屬第一警察區(qū)。

1922年劃為第五區(qū)。

1923年改設(shè)穆棱站鎮(zhèn)。

1927年改稱偏臉河鎮(zhèn)。

1933年設(shè)穆棱站保。

1938年10月，偽穆棱縣公署移駐于此，1939年1月改稱穆棱街。

1946年4月，設(shè)置穆棱區(qū)。

1947年1月劃歸南穆棱縣（后改穆棱縣），為縣政府駐地。

1947年10月穆棱縣政府移駐八面通后，設(shè)置穆棱區(qū)，1949年2月改為第五區(qū)。

1956年3月，撤區(qū)劃鄉(xiāng)，分設(shè)穆棱鎮(zhèn)和泉眼、河南2鄉(xiāng)。

1958年9月，穆棱鎮(zhèn)與泉眼、河南2鄉(xiāng)合并成立穆棱人民公社。

1964年9月，將鎮(zhèn)外泉眼等11個(gè)生產(chǎn)大隊(duì)劃出組建九站人民公社。

1965年6月撤銷九站人民公社，并入穆棱人民公社。

1972年8月，將共和、牛心、太平、新河4個(gè)生產(chǎn)大隊(duì)劃歸新組建的共和人民公社。

1980年9月，撤銷穆棱人民公社，設(shè)置穆棱鎮(zhèn)。

名稱沿用至今。