元朝時屬順元路貴筑長官司。

明代屬新貴縣之北上里和北下里，今都堡、長田、星中、新埔、高峰、安全、全心六村境屬貴筑長官司，大寨、三寨、西沖、獨山、大木、小木六村境屬新貴縣。

1915年劃屬修文縣管轄。

1942年今鄉(xiāng)境統(tǒng)一由沿河鄉(xiāng)管轄。

1947年，沿河鄉(xiāng)更名為桃源鄉(xiāng)。

1952年析建為六屯鄉(xiāng)、桃源鄉(xiāng)兩鄉(xiāng)。

1953年，六屯鄉(xiāng)析建六屯、長田、農(nóng)場三鄉(xiāng)。

桃源鄉(xiāng)又析建桃源、獨沖、雙木三鄉(xiāng)。

1958年，改置人民公社，成立飛躍公社。

1959年，全縣合并為5個公社，撤銷飛躍公社，所轄各管區(qū)并入扎佐公社。

1961年，六屯、桃源管理區(qū)遂改為六屯公社和桃源公社，屬扎佐區(qū)。

1984年，實行政、社分設(shè)，復(fù)建鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）、村政權(quán)，鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）轄村民委員會（屬民委員會），村以下建村民小組。

六屯公社、桃源公社改稱六屯鄉(xiāng)和桃源鄉(xiāng)，所轄各生產(chǎn)大隊改為村委會。

1992年2月，撤區(qū)并鄉(xiāng)，將六屯桃源兩鄉(xiāng)合并，建大鄉(xiāng)，沿用六屯鄉(xiāng)名。

2013年由省人民政府審批更名為六屯鎮(zhèn)。