清順治十五年(1658年),為修文縣仁和里轄地。
民國二十年(1931年)秋,保改鄉(xiāng)鎮(zhèn),屬息烽縣三區(qū)轄地。
民國三十年(1941年),息烽縣降為三等縣,鹿窩鄉(xiāng)屬西山鄉(xiāng)。
1951年2月,劃歸九莊鎮(zhèn)。
1992年前,屬息烽縣九莊區(qū)。
1992年,撒區(qū)并鄉(xiāng),原新楊鄉(xiāng)撒銷,所屬的楊寨,甕舍,新民3村全部劃歸鹿窩鄉(xiāng),黑神廟區(qū)的王家坪鄉(xiāng)也被撒銷,所屬的西安、合箭2村井入鹿窩鄉(xiāng)。
2016年4月22日,撤銷鹿窩鄉(xiāng),設(shè)置鹿窩鎮(zhèn)。