唐代，為北遐峒、北遐寨地。

宋代，為馴州地。

明代，為龍門土舍。

清雍正七年（1729年），設(shè)龍門巡檢司，管轄北牙、北山2圩及42個(gè)村。

清光緒三十年（1904年），巡檢司裁廢，清宣統(tǒng)二年（1910年），劃為宜山縣第五區(qū)（北牙區(qū)）。

民國(guó)二十二年（1933年），設(shè)有北牙鄉(xiāng)，屬宜山縣懷遠(yuǎn)區(qū)。

1949年，設(shè)北牙區(qū)。

次年，設(shè)為第六區(qū)。

1957年，復(fù)為北牙鄉(xiāng)。

1958年，設(shè)紅光公社。

1962年，復(fù)為北牙區(qū)。

1966年，復(fù)為北牙公社。

1984年，北牙公社改鄉(xiāng)，并分出部分村屯另設(shè)拉利鄉(xiāng)。

1986年11月，成立北牙瑤族鄉(xiāng)。

1987年8月份，析出部分村屯歸新設(shè)之同德鄉(xiāng)。

2016年12月，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)撤銷宜州市設(shè)立宜州區(qū)，北牙瑤族鄉(xiāng)屬宜州區(qū)。