漢朝，屬合浦郡。

唐、宋代，屬于雷州巡檢司。

元至元三十一年（1294年），建潿洲巡檢司。

明初，屬雷州府，明洪武七年（1374年），巡檢司遷往雷州遂溪。

明萬歷二十八年（1600年），游擊署移駐廉州府合浦縣永安。

此后，潿洲島處于雷州和廉州兩府軍事行政雙重管轄之下。

清康熙元年（1662年）至嘉慶十一（1806年），潿洲居民三度被迫內(nèi)遷，駐島行政機(jī)構(gòu)裁撤，軍事管制由雷州府徐聞縣的海安游擊署和廉州府合浦縣的龍門協(xié)分管。

清咸豐十年（1860年），內(nèi)地有400人因避戰(zhàn)亂，不顧艱險(xiǎn)和官府之禁，上島定居。

清同治六年（1867年），重開島禁，移雷州、廉州船戶客民于島上，荒置數(shù)百年的海島田廬重興。

同年，法國天主教勢(shì)力入滲島上，先后在盛塘、城仔及斜陽各修建教堂1座。

清光緒二十余年（1894年），潿洲由雷州正式劃歸屬合浦靖海團(tuán)，設(shè)公局（民政機(jī)構(gòu)）于島上。

民國初至民國二十年（1931年），先后屬合浦靖海團(tuán)和合浦第二自治區(qū)轄鎮(zhèn)。

民國二十七年（1938年）9月至民國三十四年（1945年）6月，為日軍侵占，并在島上修筑機(jī)場(chǎng)，集結(jié)艦艇，成為日寇侵占中國華南地區(qū)大后方的海、空軍基地。

1950年3月6日，解放軍渡海解放潿洲島，同年3月8日，潿洲鄉(xiāng)人民政府成立。

1951年12月，潿洲鄉(xiāng)改為北海市第五區(qū)，下轄潿洲東、潿洲西、潿洲北3個(gè)小鄉(xiāng)和南灣鎮(zhèn)。

1953年4月，潿洲為北海市第三區(qū)。

1956年，“三鄉(xiāng)一鎮(zhèn)”合潿洲鄉(xiāng)。

1958年10月，潿洲人民公社成立。

1984年9月，撤銷公社設(shè)潿洲鎮(zhèn)，隸屬市郊區(qū)。

1994年12月，劃為海城區(qū)管轄。

2011年1月1日起，潿洲鎮(zhèn)由海城區(qū)管轄成建制委托給北海市潿洲島旅游區(qū)管理委員會(huì)管理。