明嘉靖七年（1528年），置岜馬土巡檢司治今鎮(zhèn)，隸田州，后廢。

清朝，今巴馬屬地分屬思恩、慶遠2府和白色直隸廳。

民國二十三年（1934年）冬，置萬岡縣，治定馬鄉(xiāng)巴馬圩，屬白色行政監(jiān)督區(qū)，轄定馬、盤陽兩鄉(xiāng)。

民國二十九年（1940年）4月，改屬第十行政督察區(qū)。

民國三十一年（1942年）3月，改屬第五行政督察區(qū)。

1949年6月，改屬第十二行政督察區(qū)。

1949年12月1日，萬岡縣解放，治巴馬，屬百色專區(qū)。

1953年4月23日，萬岡縣撤銷，鎮(zhèn)域歸屬東蘭縣第九區(qū)。

1955年9月21日，設(shè)立巴馬瑤族自治縣，治巴馬街，屬桂西族自治區(qū)百色專區(qū)。

1956年3月2日，巴馬瑤族自治縣改屬桂西僮族自治州百色地區(qū)。

1958年，巴馬瑤族自治縣改屬百色專區(qū)，下轄9個公社，鎮(zhèn)域設(shè)紅旗公社。

1962年，鎮(zhèn)域?qū)俪顷P(guān)公社。

1964年，巴馬瑤族自治縣下轄8個區(qū)、1個鎮(zhèn)、109個公社。

1965年5月18日，巴馬瑤族自治縣改屬河池專區(qū)。

1971年，改屬河池地區(qū)；次年7月，從城關(guān)公社劃出巴馬、巴發(fā)、巴廖、設(shè)長4個大隊建立巴馬鎮(zhèn)。

2002年，巴馬瑤族自治縣改隸河池市。