清初，有人墾耕，屬黃旗都。

清宣統(tǒng)二年（1910年），屬第九區(qū)。

民國(guó)十九年（1930年），第九區(qū)改稱東海區(qū)。

民國(guó)二十年（1931年），復(fù)稱第九區(qū)。

1953年，屬第七區(qū)。

1955年8月，第七區(qū)易名南頭區(qū)（含今東鳳鎮(zhèn)）。

1957年，撤區(qū)時(shí)與東鳳分家，稱南頭鄉(xiāng)。

同年，成立南頭公社，同年冬并入小欖公社。

1958年，復(fù)分，同時(shí)劃出存沙大隊(duì)歸中山糖廠。

1961年，與東鳳復(fù)合時(shí)稱南頭區(qū)，1963年，復(fù)稱南頭公社。

1974年春，復(fù)分。

1983年，復(fù)稱區(qū)。

1986年12月，起稱南頭鎮(zhèn)。