南宋咸涥十年（1274）前后，有中原南遷難民經(jīng)南雄珠璣巷來到西樵大同鄉(xiāng)古巷，以捕魚為生，其后代再于明洪武元年（1368）遷此。

1979年12月上北大隊(duì)拆分為敦根、新龍、沙咀三個(gè)大隊(duì)。

1984年1月，敦根大隊(duì)管理委員會(huì)改稱敦根鄉(xiāng)人民政府，屬九江區(qū)公社管轄。

1987年2月，敦根鄉(xiāng)人民政府改為敦根村民委員會(huì)，歸九江鎮(zhèn)人民政府管轄。

1989年，敦根村民委員會(huì)改為敦根管理區(qū)辦事處。

1999年5月，敦根管理區(qū)復(fù)稱敦根村民委員會(huì)，2011年通過“村改居”撤銷敦根村民委員會(huì)，設(shè)立敦根居民委員會(huì)，地名沿用至今。