南澳街道歷史悠久,早在新石器時(shí)期就有人類在此居住,并留下畬嚇和西涌口古村落遺址。
明洪武初年(1368—1398年),在今南澳西涌口修筑“老大鵬所城”和海防墩臺(tái)。
據(jù)《寶安縣志》記載,清康熙元年(1662年)至三年(1664年),朝廷曾兩度下達(dá)“遷界令”,共內(nèi)遷80里,勒令立界,界外房屋盡夷,空無(wú)一人。
時(shí)新安縣縮小三分之二,人口大減,南澳荒為疏僻之地。
康熙二十二年(1682年),清廷宣布廢止“遷界令”,南澳地域重得開發(fā)。
清嘉慶年間(1796—1820年),始有南澳村,無(wú)圩。
民國(guó)元年(1912年),南澳隸屬新安縣(1914年復(fù)稱寶安縣)。
民國(guó)二十七年(1938年)10月,中國(guó)共產(chǎn)黨建立東江地區(qū)抗日民主政府——惠陽(yáng)縣第二區(qū)臨時(shí)行政委員會(huì),南澳屬之。
1949年10月,南澳地區(qū)屬惠陽(yáng)縣第四區(qū)之大鵬鄉(xiāng)。
1951年11月,第四區(qū)析出第七區(qū),南澳隨大鵬鄉(xiāng)屬之。
1958年10月,成立大鵬公社,南澳屬之。
同年11月,南澳隨大鵬公社劃歸寶安縣。
1983年7月,改公社為區(qū),南澳隸屬大鵬區(qū)。
1986年10月,撤區(qū)建鎮(zhèn),大鵬區(qū)分為大鵬鎮(zhèn)和南澳鎮(zhèn)。
1993年1月,寶安撤縣分設(shè)寶安、龍崗二區(qū),南澳鎮(zhèn)隸屬龍崗區(qū)。
2004年,寶安、龍崗兩區(qū)撤鎮(zhèn)設(shè)街,南澳街道辦仍屬龍崗區(qū)管轄。
2011年12月30日,大鵬新區(qū)成立,南澳街道隸屬大鵬新區(qū)。