港頭村曾氏是春秋時代曾子的后代，曾子的五十一代曾晞嘗，字可遠，號北超，在宋孝宗熙五年（1178）科進士。

宋高宗南渡，任廣西桂林節(jié)度使從江西廬陵縣吉陽村遷入從化太平場，居住十多年，遷徒楊荷。

1218年，全殲金兵一支部隊于白水，因軍功封粵東侯，賜北嶺地，遷吉星村。

曾晞嘗之后，連續(xù)五代人中科舉。

他第五代玄孫曾文孫，字希周，號岐石，于1351年中舉后，從吉星村遷入港頭村。

1987年1月，北興區(qū)公所成立港頭村委會，隸屬北興區(qū)公所。

1987年3月，隸屬北興鎮(zhèn)人民政府。

2005年2月，依據(jù)粵民區(qū)[2005]10號文件，港頭村歸由花東鎮(zhèn)管轄。

并沿用至今。