唐末宋初始有先民定居于此。

北宋至清初，文祠屬海陽郡登瀛都。

清至民國期間稱登榮都。

民國三年（1914年）后，改為潮安縣登榮區(qū)。

民國十九年（1930年），屬潮安縣榮意區(qū)，與意溪合并。

民國三十五年（1946年)，與意溪分拆，屬潮安縣登榮鄉(xiāng)。

1949年，又與意溪合并稱榮意區(qū)。

1950年，榮意區(qū)稱第三區(qū)人民政府。

1952年，拆三區(qū)，文祠建制為文祠區(qū)人民政府，期間轄屬村變更繁迭。

1958年9月，再與意溪并置意溪人民公社。

1961年4月，與意溪分拆，成立公社。

1980年，稱文祠公社管理委員會(huì)。

1983年11月，改置文祠區(qū)公所，轄下大隊(duì)稱鄉(xiāng)。

1987年2月，改為文祠鎮(zhèn)人民政府。

1992年，后屬潮安縣。

2013年6月28日，國務(wù)院批準(zhǔn)調(diào)整潮州市部分行政區(qū)劃，撤銷潮安縣，設(shè)立潮安區(qū)，文祠鎮(zhèn)屬潮安區(qū)。