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清朝時期村民由廣東南雄遷此定居，后從合水村分離出馬山頭村、薯田埔村、根竹園村。

該村先祖為麥?zhǔn)暇攀雷婺舷笠帷?/p>

1952年10月，寶安縣劃分7區(qū)71鄉(xiāng)，馬山頭屬第七區(qū)公明鄉(xiāng)管轄。

1963年2月，撤區(qū)并社，馬山頭與茨田埔合并為公明公社馬田大隊。

1981年1月，馬山頭由公明公社馬田大隊劃分出來成為馬山頭大隊。

1993年1月，原深圳市寶安縣公明鎮(zhèn)馬山頭村改為深圳市寶安區(qū)公明鎮(zhèn)馬山頭村。

2004年7月，因城市化改制，更名為馬山頭社區(qū)居委會，名稱沿用至今，隸屬馬田街道。