1949年文縣解放，1951年全縣調(diào)整為6區(qū)46鄉(xiāng)，屬玉壘區(qū)蒿坪鄉(xiāng)轄。

1953年6月全縣調(diào)整為9區(qū)70鄉(xiāng)，屬玉壘區(qū)玉枕鄉(xiāng)轄。

1955年10月合并區(qū)、鄉(xiāng)機(jī)構(gòu)，玉枕鄉(xiāng)并入玉壘鄉(xiāng)，今馬家溝村隨之并入，屬碧口區(qū)玉壘鄉(xiāng)轄。

1958年12月成立碧口公社，為碧口公社馬家溝大隊(duì)。

1961年公社劃小，為玉壘公社馬家溝大隊(duì)。

1983年10月玉壘公社改為玉壘鄉(xiāng)，屬玉壘鄉(xiāng)轄。

1984年4月馬家溝大隊(duì)改為馬家溝村，村下建合作社。

1986年設(shè)立馬家溝村村民委員會(huì)，所屬合作社改稱村民小組。