兩漢、北朝北魏、西魏時(shí)期，昌寧鎮(zhèn)境域?qū)傩h。

北朝北周至隋時(shí)，屬姑臧縣。

唐時(shí)，屬明威府。

元時(shí)，永昌路。

明時(shí)，屬鎮(zhèn)番衛(wèi)。

清時(shí)，屬鎮(zhèn)番縣。

清乾隆二十七年(1762年），開(kāi)墾。

民國(guó)二十三年（1934年），屬第一區(qū)，為昌寧鄉(xiāng)。

民國(guó)二十五年（1934年），屬第一區(qū)，為東西昌寧聯(lián)保。

民國(guó)三十六年（1947年），屬大壩鄉(xiāng)。

1950年1月，屬第八區(qū)，為第八鄉(xiāng)。

1953年12月，屬第二區(qū)，為昌寧鄉(xiāng)。

1956年9月，仍為昌寧鄉(xiāng)。

1958年10月，成立昌寧公社。

1960年7月，并入“八一“農(nóng)場(chǎng)，為八分場(chǎng)。

1961年3月，從“八一“農(nóng)場(chǎng)劃歸民勤縣，仍為昌寧公社。

1983年4月，設(shè)昌寧鄉(xiāng)。

2015年，撤鄉(xiāng)，設(shè)昌寧鎮(zhèn)。