1949年10月，境內設六工、八工、九工3鄉(xiāng)，隸屬第五區(qū)（瓜州區(qū)）。

1953年4月，八工鄉(xiāng)分設為南岔、八工2鄉(xiāng)，九工鄉(xiāng)分設為九工、十工2鄉(xiāng)。

1955年12月，六工、八工2鄉(xiāng)并入南岔鄉(xiāng)，十工鄉(xiāng)并入九工鄉(xiāng)。

1958年10月，南岔、九工鄉(xiāng)并入五愛公社。

1959年7月，劃歸瓜州公社。

1961年4月，成立南岔、九工公社。

1964年6月，九工公社并入南岔公社。

1966年10月，南岔公社易名紅旗公社。

1969年12月，恢復南岔公社。

1983年3月，改為南岔鄉(xiāng)。

2003年1月，改為南岔鎮(zhèn)。